Teren, który zajmuje obecnie parafia Kiszewo, był zamieszkały już w czasach przedchrześcijańskich. Pod wsią odnaleziono bowiem pogańskie cmentarzysko. W XI i XII wieku zamieszkiwał na tym terenie potężny ród Nałęczów. Nie jest znana dokładna data powstania kiszewskiej parafii, lecz pierwszą o niej historyczną wzmiankę datuje się na rok 1407. Dostępne źródła donoszą, że kościół w Kiszewie był w rękach protestanckich, jednak pod koniec wieku XVI był już bardzo zniszczony, lub spalił się. Na początku wieku XVII za sprawą Stanisława Kiszewskiego, właściciela Kiszewa i jednocześnie opata lubińskiego parafia stała się prepozyturą klasztoru benedyktyńskiego w Lubiniu i pozostała nią aż do roku 1787. Brakuje w źródłach dowodów na wzniesienie nowego budynku, a istnienie drewnianego kościoła św. Anny potwierdzają dokumenty z wizytacji przeprowadzanych tam w latach benedyktyńskiej administracji.

Po opuszczeniu przez Benedyktów parafii przez szereg lat w Kiszewie nie było duszpasterstwa, a parafię postanowiono połączyć z leżącą nieopodal Stobnicą, plany te pokrzyżował 1 kwietnia 1823 roku pożar wsi, który strawił również kościół, plebanię, i budynki gospodarcze. Ponowne starania o zbudowanie kościoła w Kiszewie i wznowienie parafii czyniono od roku 1858. Myśl ta nie ustępowała w okresie po I wojnie światowej. W roku 1922 wybudowano na miejscu dawnego kościoła kaplicę pod wezwaniem św. Izydora. Rozbudowano ją w r. 1924. Nowy kościół w zupełnie nowym miejscu powstał w roku 1934. Otrzymał tytuł Najświętszego Serca Jezusowego i św. Anny, 26 października 1936 dekretem erekcyjnym wznowiono parafię Kiszewo, przydzielając do niej 9 okolicznych wiosek.

Położony w centrum wsi kościół jest również unikatowym w skali regionu  siedliskiem nietoperzy. Nieużytkowane poddasze, znajdujące się nad nawą główną i prezbiterium kościoła stało się dla nich doskonałą kryjówką. W sąsiedztwie kiszewskiego kościoła stwierdzono obecność co najmniej 8 gatunków nietoperzy. Wszystkie objęte są ścisłą ochroną.